Direktora Agencije imenuje Savjet Agencije, na osnovu javnog konkursa, na period od četiri godine.

Za direktora Agencije ne može biti imenovano lice koje ne ispunjava uslove da bude član Savjeta Agencije po Zakonu o zaštiti podataka o ličnosti. 

Nadležnosti direktora su sljedeće:

• zastupa i predstavlja Agenciju,

• organizuje i vodi Agenciju,

• izvršava odluke Savjeta Agencije,

• predlaže Savjetu Agencije planove rada, izvještaje o stanju zaštite ličnih podataka

• obavlja i druge poslove utvrđene ovim zakonom i statutom Agencije.(čl.58 i 59 Zakon o zaštiti podataka o ličnosti; Sl.List CG br.79/08 i 70/o9).